La Société linnéenne dispose d’une très importante bibliothèque comportant des milliers d’ouvrages dont certains fort rares, des milliers de tirés-à-part et surtout de très nombreux périodiques français et étrangers, spécialisés dans nos disciplines. Pour la plupart de ces ouvrages sont adressés par nos échangistes, ce qui nous permet de disposer d’un instrument de travail absolument exceptionnel : nous recevons actuellement 120 périodiques français et plus de 200 revues étrangères, provenant de 29 pays.

Un autre instrument de travail est constitué par nos collections : principalement des herbiers, ceux de Clémence LORTET, de CHAMPAGNEUX, de Louis DEBAT en particulier ; mais aussi une collection de référence des insectes, surtout, français ; une collection de minéralogie. Notre collection de conchyliologie et une partie des collections d’Insectes ont été mises en dépôt au Museum d’histoire naturelle de Lyon.

Depuis 1836, la Société a ses propres périodiques dont la présentation, la périodicité, le volume ont varié en fonction des circonstances, nos ressources financières jouant dans ce domaine un rôle évident. Actuellement, nous publions un Bulletin mensuel de la société linnéenne de Lyon en deux parties : des pages administratives qui donnent le programme des activités des sections (ordres du jour, excursions) et une substantielle partie scientifique correspondant aux travaux présentés lors des réunions antérieures et dont la publication a été acceptée par le comité de lecture. Des bulletins hors série font la synthèse d’un thème, à peu près chaque année. en deux parties : des pages administratives qui donnent le programme des activités des sections (ordres du jour, excursions) et une substantielle partie scientifique correspondant aux travaux présentés lors des réunions antérieures et dont la publication a été acceptée par le comité de lecture. Des bulletins hors série font la synthèse d’un thème, à peu près chaque année.

La Société linnéenne a contribué dans le passé, par son patronage moral et son appui financier, à la publication d’ouvrages importants : la flore lyonnaise de BALBIS ou la magnifique Histoire Naturelle des Oiseaux-mouches en quatre volumes de MULSANT et VERREAUX, encore appréciée par les spécialistes et recherchée par les bibliophiles. Plus récemment, ce sont d’importants volumes consacrés à des travaux de botanique, mycologie et d’entomologie principalement (voir liste des publications).